Language: English


Trang đầu > SpoligoDB4 Lookup Tools
jQuery UI Accordion

Description of Genotyping Methods: Spoligotyping


Spacer oligonucleotide typing is a hybridization assay that detects variability in the direct repeat (DR) region in the DNA of M. tuberculosis. The DR region consists of multiple copies of a conserved 36-base-pair sequence (the direct repeats) separated by multiple unique spacer sequences (the standard spoligotyping assay uses 43). Different M. tuberculosis strains have various complements of the 43 spacers, and these different complements form the basis of the assay (Kamerbeek 1997).

The standard spoligotyping assay is performed by using a membrane. In this format, each of the 43 spacers produces either a dark band (indicating the presence of the spacer) or no band (indicating the absence of spacer). As Figure 1. shows, for each M. tuberculosis isolate, the spoligotyping assay produces a series of bands, much like a bar code.


Figure 1. Two examples of spoligotype results showing the original banding patterns as well as the steps involved in converting the banding pattern results to the final octal code designation. The octal designation is the form of the result that is reported by the genotyping laboratories to TB programs.
Công cụ tra cứu Spoligotyping

- Dựa trên SpoligoDB phiên bản 4 với 1939 genotypes.
- Nhanh chóng và chính xác để xác định genotype của chủng M. tuberculosis.
- Dữ liệu đầy đủ sắp xếp theo mô tả nhị phân, SIT No.
- Bạn có thể tìm thấy các chủng của bạn với các công cụ bên cạnh.

Chi tiết, xin liên hệ: nhbach@hueuni.edu.vn

SẮP XẾP TĂNG DẦN THEO SIT No.

- Sắp xếp theo trang
- Danh sách đầy đủ

SẮP XẾP TĂNG DẦN THEO MÔ TẢ NHỊ PHÂN

- Sắp xếp theo trang
- Danh sách đầy đủ

TÌM KIẾM GENOTYPE CỦA CHỦNG M. TUBERCULOSIS

- Nhiều kiểu tìm kiếm khác nhau
- Tự động tìm kiếm và gợi ý bằng CSDL.

 

DỮ LIỆU SPOLIGODB GỐC
Sắp xếp theo số Spoligo-International-Type (SIT) địa lý phân bố
Sắp xếp theo Binary description với địa lý phân bố
Phân tích Tin-Sinh học (62 lineages/sub lineages prototype patterns) và thống kê (50 kiểu tần suất cao)

Thông tin liên hệ
ThS. Nguyễn Hoàng Bách
BM Vi Sinh, ĐH Y Dược Huế - TT Carlo Urbani
Email: jtbach2010@gmail.com nhbach@hueuni.edu.vn


Tài liệu tham khảo
Brudey et al. Mycobacterium tuberculosis complex genetic diversity: mining the fourth international spoligotyping database (SpolDB4) for classification, population genetics and epidemiology.BMC Microbiol 2006 Mar 6;6 (1) : 23.
Spoligo-Internaltional-Type

 Home

 Sorted by SIT No.
Show full list (sorted by SIT No.)
Sorted by BIN
Show full list (sorted by BIN)

  Sorted by SIT No. (Barcode)
  Sorted by BINARY DESCRIPTION (Barcode)
  Sorted by LABEL (Barcode)

 Look up SIT No.
     


Copyright © 2011 Trung tâm Carlo UrbaniTRANG ĐẦU | LIÊN HỆ